有氧呼吸的三個階段方程式：第一階段：C6H12O6酶→2C3H4O3+4[H]+少量能量;第二階段：2C3H4O3+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量;第三階段：24[H]+6O2→12H2O+大量能量。

1有氧呼吸第一階段方程式

在細胞質的基質中，一個分子的葡萄糖分解成兩個分子的丙酮酸，同時脫下4個[H](活化氫);在葡萄糖分解的過程中釋放出少量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，產生少量的ATP。這一階段不需要氧的參與，是在細胞質基質中進行的。

方程式：C6H12O6酶→2C3H4O3(丙酮酸)+4[H]+少量能量(2ATP)(4[H]為4NADH)。

2有氧呼吸第二階段方程式

丙酮酸進入線粒體的基質中，兩分子丙酮酸和6個水分子中的氫全部脫下，共脫下20個[H]，丙酮酸被氧化分解成二氧化碳;在此過程釋放少量的能量，其中一部分用于合成ATP，產生少量的能量。這一階段也不需要氧的參與，是在線粒體基質中進行的。

方程式：2C3H4O3(丙酮酸)+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量(2ATP)(20[H]為16NADH和NADPH)。

3有氧呼吸第三階段方程式

在線粒體的內膜上，前兩階段脫下的共24個[H]與從外界吸收或葉綠體光合作用產生的6個O2結合成水;在此過程中釋放大量的能量，其中一部分能量用于合成ATP，產生大量的能量。這一階段需要氧的參與，是在線粒體內膜上進行的。

方程式：24[H]+6O2酶→12H2O+大量能量(34ATP)(24[H]為10*2NADH和2*FADH2)。

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