若干非等位基因只有同時存在時才出現某一性狀，其中任何一個發生突變時都會導致同一突變型性狀，這些基因稱為互補基因。

舉例：如果把豌豆冠的雞跟玫瑰冠的雞交配，子一代的雞冠是胡桃冠。子一代個體間相互交配，得到子二代，它們的雞冠有胡桃冠、豌豆冠、玫瑰冠和單冠，大體上接近9：3：3：1。假定控制玫瑰冠的基因是R，控制豌豆冠的基因是P，而且都是顯性的，那末玫瑰冠的雞沒有顯性豌豆冠基因，所以基因型是ppRR，與之相反，豌豆冠的雞沒有顯性玫瑰冠基因，所以基因型是PPrr。前者產生的配子全部是pR，后者產生的配子全部是Pr，這兩種配子相互結合，得到的子一代是PpRr，由于P與R的互補作用，出現了胡桃冠。子一代的公雞和母雞都形成PR，Pr，pR和pr的4種配子，數目相等。根據自由組合定律，子二代應該出現4種表型，胡桃冠(P__R__)，豌豆冠(P__rr)，玫瑰冠(ppR__)和單冠(pprr)，它們的比數為9：3：3：1。在這個例子中，P與R是互補的，形成了胡桃冠，P與r是互補的，形成了單冠，所以P與R，p與r是互補基因。

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